Historia kościoła
Kościół Bożego Miłosierdzia ufundował Jan Żukowski z Bystrzycy w 1555 roku, jako wypełnienie jego ostatniej woli. Powstała wówczas drewniana świątynia oraz szpital dla ubogich. Obiekty zostały zniszczone w wyniku najazdu arcyksięcia Maksymiliana Habsburga. W latach 1624-1629 na planie prostokąta wzniesiono nową, tym razem murowaną świątynię z inicjatywy ks. Jana Wróblewskiego, penitencjarza wawelskiego. Była to jednonawowa, orientowana budowla z zamkniętym półkoliście prezbiterium. Obok niej zbudowano także szpital dla ubogich, którym służyć miała ta świątynia. Ucierpiała podczas potopu szwedzkiego i została wówczas zrównana z ziemią, podobnie jak szpital, jednak udało się ją odbudować. Została rekonsekrowana przez biskupa Mikołaja Oborskiego w dniu 25 października 1665 roku. Ołtarz główny otrzymał przy tym wezwanie Miłosierdzia Bożego i Podwyższenia Krzyża Świętego.Świadczy o tym zapis w księdze czynności pontyfikalnych sufraganów krakowskich Wojciecha Lipnickiego i Mikołaja Oborskiego:
"W tym samym roku (1665) 25 października najczcigodniejszy (Mikołaj Oborski) konsekrował Kościół Bożego Miłosierdzia poza murami Krakowa i trzy ołtarze: wielki pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego i Miłosierdzia Pańskiego, drugi ku czci Najświętszej Maryi Panny, trzeci ku czci św. Antoniego z Padwy. Umieścił w nich relikwie Świętych Aureliusza i Witalisa, męczenników."
Ołtarz główny otrzymał przy tym wezwanie Miłosierdzia Bożego i Podwyższenia Krzyża Świętego. Już w najstarszym przewodniku po Krakowie z 1603 roku odnaleźć można informację o istnieniu „kappelli Miłosierdzia Bożego na Smoleńsku nad Rudawą”, co oznacza, że najprawdopodobniej jest to najstarszy kościół pod tym wezwaniem na ziemiach polskich, a nawet w świecie.
Kościół kilkukrotnie ucierpiał na skutek wystąpienia z brzegów rzeki Rudawy. W prezbiterium znajduje się tablica wskazująca poziom wody w czasie powodzi w 1813 r. W połowie stulecia przylegająca do kościoła kamienica prebendarza stała się pierwszym klasztorem Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, które później przeniosły dom zakonny do Łagiewnik. Siostry stworzyły tu Dom Schronienia dla Kobiet Upadłych. Kobiety, które zgłaszały się do sióstr, właśnie w tym miejscu odprawiały pokutę za grzechy.
Świątynia została odrestaurowana ponownie w pierwszej dekadzie XX wieku w oparciu o projekty Jana Sasa Zubrzyckiego i pod kierownictwem Władysława Warczewskiego. W miejscu dotychczasowej kruchty pojawiły się schody oraz portal, zaś na dwuspadowym dachu zainstalowano sygnaturkę zwieńczoną krzyżem. Udało się przy tym zachować barokowy charakter kościoła. Budowniczy miejski - Warczewski - zniósł wówczas kruchtę zachodnią oraz wykonał neobarokowy portal wejściowy. Zmieniono również formę otworu okiennego w szczycie elewacji zachodniej a także zmniejszono otwór okienny nad portalem. Odnaleziony w piwnicach fragment gotyckiej płyty nagrobnej, z przedstawieniem klęczącego rycerza w zbroi płytowej i mieczem przy boku, wmurowano w elewację północną kościoła.
Renowacja wnętrza została przeprowadzona w latach 1942-1947. W zwężonym w stosunku do nawy prezbiterium o kolebkowym sklepieniu znajduje się jednokondygnacyjny, barokowy ołtarz główny fundacji Jana Pakuszowskiego. W jego centrum mieści się otaczany czcią krucyfiks wraz z XVII-wieczną sceną Ukrzyżowania (obraz przesuwany). Po bokach, w konchowych niszach, umieszczono figury św. Wojciecha BM i św. Stanisława BM. W nawie podziwiać można między innymi kamienny ołtarz z figurą św. Józefa wykonany w 1906 roku. Warto zwrócić uwagę także na XVII-wieczną ambonę ozdobioną wizerunkami czterech Ewangelistów oraz XX-wieczny, drewniany chór, oparty na dwóch kolumnach. Przy ścianie tęczowej zobaczyć można kolejne dwa ołtarze boczne, pochodzące z drugiej połowy XVII wieku.
Obecnie kościół nosi wezwanie Bożego Miłosierdzia. Świątynię uznaje się za prawdopodobne miejsce pochówku ks. Grzegorza Gerwazego Gorczyckiego, jednego z najwybitniejszych polskich kompozytorów baroku, który pełnił w kościele swoją posługę jako prepozyt i penitencjarz. Kościół przez wiele lat był przedmiotem troski Parafii Katedralnej i Kapituły Metropolitalnej w Krakowie. Przed laty modlił się tu Karol Wojtyła. Dziś w kościele znajdują się relikwie papieża Polaka i ornat, który miał na sobie, gdy odprawiał Mszę św. na Błoniach w 1979 roku.
3 maja 2023 roku Metropolita Krakowski Ksiądz Arcybiskup Marek Jędraszewski erygował w tym miejscu Rektorat pw. Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Starym Mieście. Pierwszym rektorem został ks. Grzegorz Kotala, Kanonik Kapituły Metropolitalnej na Wawelu.
